Je pense que l'on peut donner raison aux deux réponses de ta question. Cependant, coup marketing ne rime pas forcément avec mauvaise qualité (même si le Mario & Sonic aux JO ne me donne pas vraiment raison). Effectivement, ce genre de jeu agit notamment par "Fan Service", et forcément, cible une clientèle bien précise. On peut donc largement le considérer comme une manœuvre marketing.
En gros, je distingue les cross-over intelligents, et les cross-over fainéants.
Je met par exemple les Smash Bros. dans la première catégorie. Les Nintendo-addict sont aux anges de pouvoir poutrer Mario grâce au Beam de Samus, mais le tout est servit par un gameplay intelligent, visant la déconnade, le multi-joueur et une petite pointe de technique. De même pour Sonic & SEGA All-Star Racing. Même si le jeu n'est pas parfait, finalement à la vue des différentes critiques, son seul défaut est de ne pas faire mieux qu'un Mario Kart Wii. Cela ne lui a pas empêché d'avoir des notes inférieures.
Le Cross-Over a permis également de créer des jeux au concept inédit, mais en réunissant des univers bien distincts : je pense notamment à Kingdom Hearts, qui a su mêler un univers digne de Final Fantasy et les héros du monde Disney. D'ailleurs, je regrette de ne pas y avoir encore jouer.
Je peux également citer le prochain Layton VS. Phoenix Wright, qui est bien parti pour combiner les deux jeux textuels les plus réussis de cette décennie. Mais on a cependant moins de certitudes à son sujet.
Mario & Sonic aux JO est un Cross-Over fainéant, qui ne mise finalement que sur un fond déjà usité des millions de fois, mais également sur la confrontation Mario/Sonic et les différents protagonistes de leur univers respectif, chose que de nombreux fans attendaient depuis des lustres.
Pour les jeux de combats, je ne peux pas réellement me prononcer, même s'il est évident que les développeurs jouent beaucoup sur la fibre sensible des fans, en leur proposant des combats épiques entre héros Marvel, Capcom, SNK, Tekken, et j'en passe. Je ne connais pas suffisamment le fond pour me prononcer, même si je me souviens avoir passer des bons moments sur certains jeux 2D CPS2 (je me souviens également du Beat Them'All bien sympa Aliens VS. Predator).
Bref, il est possible de cumuler les deux : idée sympathique et fan-service un peu marketeux, mais très plaisant. Tout comme la balance peut pencher d'un côté comme de l'autre, de manière parfois excessive pour le côté commercial.